Descartes admet d'avance la logique, dont selon lui la négation n'appartient pas au scepticisme (sino aucun discours n'est possible et la démarche cartésienne est fausse d'avance) : identité, non-contradiction etc.
On considère ici non pas la seconde preuve de l'existence de Dieu dans les Méditations métaphysiques, qui dit que comme la perfection est l'essence de Dieu et que la perfection comprend l'existence, Dieu existe, ce qui, logiquement, ne vaut rien car on part de la conclusion (Descartes en est d'ailleurs conscient, il le dit et il donne donc une autre preuve auparavant) mais prouve, non rigoureusement, que Dieu, s'il existe, est la chose dont l'existence est la plus en cohérence avec elle-même (ce qui est un très bel argument), mais la première preuve, la preuve ontologique, qui dit que les qualités de l'effet doivent être présents en acte dans la cause, d'où l'existence de Dieu puisque le sujet possède en lui l'idée de Dieu, qui doit avoir une cause.
Premier présupposé : l'existence en acte de l'idée de Dieu. On ne peut penser Dieu actuellement puisqu'il est infini. On peut le définir en puissance à l'aide de mots du genre : totalité, perfection, infini. Mais ces termes ne prennent leur signification qu'après avoir côtoyé, en particulier, leur contraire, qui fait partie du monde physique extérieur, non encore admis à ce stade de la réflexion cartésienne. Une échappatoire : l'esprit du sujet peut être aussi infini (ce n'est pas contestable : même si le sujet ne perçoit pas son infinitude, cela ne l'empêche pas d'exister). Ici l'incertitude est donc inévitable (si l'on prouve par un autre moyen l'existence du monde extérieur, on pourra peut-être savoir si le sujet pensant est fini). Le sujet pourrait même être Dieu lui-même : à ce stade la seule chose existante est son esprit, dont il ne peut voir aucune limite (il ne peut affirmer que sa connaissance est limitée puisque cela impliquerait quelque chose au-delà de la limite, ce dont l'existence n'est pas encore prouvée : il connaît la totalité de ce qu'il sait exister). Et même si l'idée de Dieu est donnée, on ne peut être sûr qu'elle ne contient pas une contradiction [sinon en invoquant l'argument a posteriori donc no valable logiquement de la perfection de Dieu], de la même manière qu'on peut trouver un système d'axiomes très clairement formulé mais aboutissant après de longues recherches à une contradiction [on a même démontré qu'il était impossible de démontrer la cohérence de l'arithmétique élémentaire]. Qui n'a jamais eu une pensée, même claire et distincte, qui se soit révélée impossible ensuite, ne serait-ce qu'une prévision pour l'avenir qui ne se soit pas réalisée ? En effet une prévision peut être très claire et être distinctement conçue, mais cependant impossible à réaliser quoi qu'on fasse. Alors le raisonnement de Descartes peut être conduit sur cette idée de prévision (celle-ci a forcément une cause possédant toutes les caractéristiques de la prévision y compris la position temporelle, ce qui fait que la prévision est forcément vraie...).
Cet argument est invalide car il présuppose précisément l'existence en acte dans la cause de toutes les qualités de l'effet. Ici il est déjà nécessaire de connaître ce qu'est la cause et l'effet, mais soit. Tout d'abord, "qualité" est ambigu : toutes caractéristiques ou simplement bonnes caractéristiques ? Si bonnes caractéristiques, nécessité d'une échelle de valeurs a priori (le monde n'étant pas encore connu). Alors, introduction artificielle de sens ici, alors qu'on cherche à démontrer l'existence du monde extérieur, et si cette expression a un sens. Ce introduction de sens sous-jacent (échelle de valeurs précédant le monde, et même Dieu!), ce "germe de sens", suffit à générer le sens et l'existence de Dieu et du monde (le fait de définir Dieu par la perfection n'introduit pas d'échelle de valeurs, car on suppose que le sujet est capable d'énumérer toutes les caractéristiques qu'il attribue à Dieu, et le raisonnement cartésien est basé sur l'existence de l'idée de Dieu et non sur la justification a priori de cette idée, qui se trouve donnée là sans avoir à rendre compte de la raison pour laquelle on lui attribue toutes ces caractéristiques que nous appelons perfection). D'autre part, la supposition de la présence en acte dans la cause de toutes les caractéristiques de l'effet nie totalement la possibilité de changement (le changement introduisant nécessairement une nouvelle caractéristique absente de la cause), et celle de toutes les "bonnes" caractéristiques nie la possibilité d'évolution, d'amélioration, d'organisation, même locale (alors que le second principe de la thermodynamique interdit l'amélioration au niveau global mais autorise l'amélioration locale si celle-ci s'accompagne d'une aggravation ailleurs ; on observe chaque jour des améliorations locales). On doit donc se résoudre à ajouter un "potentiellement" à la supposition de Descartes, qui la rend tautologique (définition de la potentialité par rapport à la cause et à l'effet). On aboutit, après une démonstration vraie en puissance, à un Dieu potentiellement parfait et non trompeur, ce qui n'avance pas.
Selon Descartes, l'idée de perfection, d'infini, ne peut pas naître de l'extrapolation par l'expérience, car somme d'éléments finis=indéfini (infini négatif, celui qui est défini par le fait de dépasser toute borne préassignée) et pas infini positif. Mais ceci valable seulement si concept de Dieu. Or idée de Dieu=selement concept formel (voire formalisme) et pas concept (impossible de concevoir Dieu).